Antibodies
La scelta di oligonucleotidi antisenso di controllo negativo ha un impatto drammatico sull’analisi a valle a seconda del background cellulare
Premessa: Il sistema vascolare linfatico e sanguigno sono sistemi strettamente correlati che collaborano per assicurare la funzione fisiologica dell’organismo. Nonostante la loro comune origine evolutiva, presentano destini funzionali distinti nell’età adulta che si basano su robusti programmi regolatori specifici del lignaggio. Il recente impulso tecnologico negli approcci di sequenziamento ha svelato lunghi RNA non codificanti (lncRNA) come importanti attori regolatori di vari livelli di espressione genica in un modo specifico del tipo di cellula.
Risultati: Per indagare sui potenziali ruoli degli lncRNA nella biologia vascolare, abbiamo eseguito knockdown di oligonucleotidi antisenso (ASO) di candidati lncRNA espressi specificamente nelle cellule endoteliali linfatiche o vascolari umane. LEC o BEC) seguito da Cap Analysis of Gene Expression (CAGE-Seq). Qui, descriviamo i passaggi di controllo della qualità adottati nella nostra pipeline di analisi prima di determinare gli effetti di atterramento di tre ASO per target lncRNA sui trascrittomi LEC o BEC. A questo proposito, abbiamo particolarmente osservato che la scelta di ASO di controllo negativo può avere un impatto drammatico sulle conclusioni tratte dall’analisi a seconda del background cellulare.
Conclusione: In conclusione, il confronto degli effetti dell’ASO del controllo negativo sui trascrittomi del tipo cellulare mirato evidenzia la necessità essenziale di selezionare un set di controllo adeguato di più ASO del controllo negativo in base al tipi cellulari studiati.
Analisi critica delle spiegazioni per l’omeostasi cellulare e l’elettrofisiologia dal punto di vista dei murini
Le ricerche nella moderna elettrofisiologia cellulare sono piene di disaccordi a un livello fondamentale. Mentre la teoria della membrana dell’omeostasi considera la membrana cellulare e le proteine in essa incorporate come i principali attori, l’ipotesi di associazione-induzione (o assorbimento / fase di massa) considera la fase acquosa delle proteine disciolte (citoplasma / protoplasma) come il determinante chiave della composizione e flussi ionici. Nella prima scuola di pensiero, il potenziale trans-membrana (TMP) e le pompe/canali ionici selettivi sono considerati principi operativi chiave.
In quest’ultima teoria, le dinamiche di assorbimento-desorbimento e i riarrangiamenti della fase bulk determinano i risultati. In entrambe queste scuole di pensiero, i teorici ritengono che l’elettroneutralità della fase macroscopica valga, il TMP (sia in stato di riposo che in stato attivato) risulta esclusivamente a causa dei differenziali di concentrazione ionica attraverso la membrana e le proteine interessate subiscono importanti cambiamenti di conformazione per influenzare / effetto i risultati noti.
La new entry nel campo, murburn concept, si costruisce partendo da considerazioni molecolari fino alle osservazioni macroscopiche. Sostiene la “separazione di carica effettiva” e gli intricati equilibri di trasferimento di elettroni “molecola-ione-radicale” come razionale per i differenziali di concentrazione ionica e la variazione di TMP. Dopo aver effettuato una valutazione imparziale delle due scuole di pensiero classiche, la rassegna fa un’analisi puntuale di alcune osservazioni/considerazioni finora irrisolte e suggerisce la necessità di ripensare le prospettive meccanicistiche.
Oltre l’analisi a cellula singola di metallodrugs mediante ICP-MS: targeting delle sottostrutture cellulari
I composti del platino come il cisplatino (cisPt) rappresentano la spina dorsale dei protocolli di chemioterapia combinata contro il carcinoma polmonare avanzato. Tuttavia, la loro efficacia è principalmente limitata dalla resistenza al platino intrinseca o acquisita, la cui origine non è stata ancora completamente chiarita, sebbene di fondamentale interesse. Utilizzando la spettrometria di massa del plasma accoppiato induttivamente a singola cellula (SC-ICP-MS), questo studio quantifica il cisPt in singole cellule tumorali e per la prima volta in nuclei isolati. È stato effettuato un confronto dell’assorbimento di cisPt tra una linea cellulare di cancro wild type (wt) e le relative sottolinee resistenti. In entrambe le cellule resistenti, nelle cellule wt e nei loro nuclei, l’assorbimento di cisPt è stato misurato a diversi tempi di incubazione. Una quantità inferiore di cisPt è stata trovata nelle linee cellulari resistenti e nei loro nuclei rispetto alle cellule wt. Inoltre, l’abbondanza di cisPt interiorizzato diminuiva con l’aumentare della resistenza. È interessante notare che le concentrazioni di cisPt trovate all’interno dei nuclei erano superiori rispetto alle concentrazioni cellulari. Qui, mostriamo, che SC-ICP-MS consente una quantificazione precisa e accurata dei metallofarmaci sia nelle singole cellule che negli organelli cellulari come i nuclei. Questi risultati aprono la strada a future applicazioni che studino la potenza e l’efficacia di nuovi metallofarmaci sviluppati per il trattamento del cancro.
L’espressione e la purificazione dell’affinità delle proteine ricombinanti della subunità ribosomiale mitocondriale dei mammiferi (MRPS) e l’analisi dell’interazione proteina-proteina indicano un ruolo putativo nei processi cellulari tumorigenici
Il gruppo di proteine della piccola subunità ribosomiale mitocondriale (MRPS) è costituenti strutturali della piccola subunità dei mitoribosomi coinvolti nella traduzione. Recenti studi indicano un ruolo nel processo tumorigenico, tuttavia, a differenza delle proteine ribosomiali citosoliche, la conoscenza del ruolo delle proteine MRPS nei processi cellulari alternativi è molto limitata. La mappatura delle interazioni proteina-proteina (PPI) su processi cellulari noti può essere uno strumento prezioso per identificare nuove funzioni proteiche.
In questo studio, per identificare i PPI delle proteine MRPS, abbiamo costruito 31 cloni di fusione glutatione-S-transferasi (GST) / MRPS. Le proteine di fusione GST/MRPS sono state confermate dall’analisi MALDI-TOF. I pull-down GST sono stati eseguiti utilizzando otto proteine GST/MRPS (MRPS9, MRPS10, MRPS11, MRPS18B, MRPS31, MRPS33, MRPS38 e MRPS39), il solo GST come controllo pull-down e il lisato cellulare HEK293 come fonte per le proteine di ancoraggio seguito da nLC / MS / MS analisi e probabili PPI di otto proteine MRPS sono state identificate.
Sono stati convalidati tre PPI da pull-down GST e l’interazione tra sei proteine MRPS e p53 precedentemente riportate nel database PPI. L’analisi della rete PPI ha rivelato un ruolo putativo nei processi cellulari con implicazioni per la tumurigenesi. Lo screening dell’espressione genica di un pannello di linee cellulari cancerose ha indicato la sovraespressione di MRPS10 e MRPS31 nel cancro al seno.
L’analisi dello strumento di identificazione del modulo di co-espressione dell’espressione genica del cancro al seno e dei PPI MRPS10 e MRPS31 ha rivelato il ruolo putativo del PPI con acil-CoA deidrogenasi nel processo di ossidazione degli acidi grassi regolato dalla via di segnalazione del fattore neurotrofico derivato dal cervello.
Analisi teorica degli effetti cellulari antitumorali delle glicoside ammidi
Contesto: Questo articolo è una continuazione dell’analisi teorica per la forma e il dosaggio sicuri del prodotto di amigdalina e lo studio teorico del processo di passaggio delle glicoside ammidi attraverso la membrana cellulare del cancro Cellula. Considerano alcune possibili modificazioni naturali e ipotizzano che non siano i glicosidi nitrilici ad avere proprietà antitumorali, ma i loro derivati ammidici/carbossilici.
Viene anche considerata la possibilità di utilizzare questa circostanza in oncologia conservativa. Viene presentato un meccanismo per attraversare la membrana cellulare e superare le funzioni immunitarie della cellula cancerosa. La stessa cellula cancerosa fisiologicamente attiva è abbastanza inerte alle influenze esterne. È molto più stabile di qualsiasi cellula organica strutturale e/o funzionale fisiologicamente attiva. Le sue difese sono discusse in dettaglio nell’articolo ed è stata definita la sua principale debolezza, ovvero: la cellula tumorale si nutre principalmente di carboidrati e/o complessi di carboidrati.
Nel tentativo di preservare il suo set genetico, si è evoluto per contrastare le sostanze biologicamente attive impedendo al massimo il suo passaggio attraverso la sua membrana cellulare. È questa proprietà che potrebbe essere utilizzata per ridurre al minimo il suo effetto su tutto il corpo. Nello stesso articolo, sulla base di calcoli teorici e riferimenti bibliografici, viene formulata un’ipotesi: i tumori potrebbero trasformarsi da infettivi gravi a cronici controllati (simili a diabete, epatite cronica, ecc.) Obiettivo: La forma farmaceutica consente la deviazione dal chimicamente puro sostanza. Si tratta di una comoda e allo stesso tempo accessibile (dal punto di vista economico e/o tecnologico) per il ricovero da parte dei pazienti.
A causa della grande varietà di nitrili glicosammidici naturali (materiale di partenza per la produzione di acido ammidico/carbossilico), la moderna farmacologia ne consente l’assunzione combinata per natura chimica e concentrazione della forma attiva che attraversa la membrana cellulare. I glicosidi nitrilici naturali idrolizzati ad acido ammidico/carbossilico sono ancora inesplorati, ma con grandi potenzialità teoriche. Come sostanze biologicamente attive, questi composti hanno anche una tossicità significativa. Uno degli scopi di questo articolo è organizzare test di laboratorio sugli animali.
Metodi: Viene eseguita un’analisi comparativa sulla base di calcoli stechiometrici per la concentrazione della forma attiva e la previsione della bioattività. A tal fine, viene applicata la seguente metodologia: Analisi dei dati per la forma molecolare delle cellule antitumorali attive e Determinazione della dose del farmaco.
Le sostanze chimiche derivate ottenute immediatamente dopo il passaggio della glicosamide attraverso la membrana della cellula cancerosa sono: (R) -2-idrossi-2-fenilacetammide, (R) -2-idrossi-2- (4-idrossifenil) acetammide, (R) – 2-idrossi-2- (3-idrossifenil) acetammide, 2-idrossi-2-metilpropanammide, (S) -2-idrossi-2-metilbutanammide, 2-idrossi-3-metilbut-2-enammide, (2Z, 4E) -4- acido (2-ammino-1-idrossi-2-ossoetilidene) es-2-enedioico, (S) -1-idrossiciclopent-2-ene-1-carbossammide, (1S, 4S) -1,4-diidrossiciclopent -2-ene-1-carbossammide, (1R, 4R) -1,4,5-triidrossiciclopent-2-ene-1-carbossammide, (Z) -2 – ((4S, 6R) -4,6-diidrossicicloes- 2-en-1-iliden) acetammide, (R) -2-idrossi-3-metilbutanammide, (E) -2 – ((4S, 5R, 6R) -4,5,6-triidrossicicloes-2-en-1 -iliden) acetammide, (Z) -2 – ((4R, 5R, 6S) -5,6-diidrossi-4-metossicicloes-2-en-1-iliden) acetammide, (E) -2 – ((4R, 6S) -4,6-diidrossicicloes-2-en-1-iliden) acetammide и (E) -2 – ((4S, 5R, 6R) -4,5,6-triidrossicicloes-2-en-1-iliden) acetammide.
Risultati: L’uso di due o più forme farmaceutiche non ne impedirebbe la penetrazione in base ai rapporti di massa tra l’ammide antitumorale attiva e la forma attiva di trasferimento carbossilico.
Conclusione: Le ammidi risultanti dall’idrolisi dei glicosidi nitrilici avrebbero la capacità di attraversare la membrana cellulare di una cellula cancerosa e quindi causare la sua risposta cellulare. La forma farmaceutica deve rappresentare l’esatto rapporto ammide/acido carbossilico per la corrispondente forma cellulare antitumorale attiva.
Attoglow Western Blot Analysis Kit: Millennium Enhancer |
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| K3171250-1 | Biochain | 100 ml | 195.6 EUR |
Attoglow Western Blot Analysis Kit- with Millennium Enhancer, Anti mouse secondary antibody |
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| K3171120-I | Biochain | 1200 cm2 | 295.2 EUR |
Attoglow Western Blot Analysis Kit- with Millennium Enhancer, Anti rabbit secondary antibody |
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| K3171120-II | Biochain | 1200 cm2 | 295.2 EUR |
Attoglow Western Blot Analysis Kit- with Millennium Enhancer, Anti chicken secondary antibody |
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| K3171120-III | Biochain | 1200 cm2 | 295.2 EUR |
Attoglow Western Blot Analysis Kit- with Millennium Enhancer, Anti goat secondary antibody |
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| K3171120-IV | Biochain | 1200 cm2 | 295.2 EUR |
Attoglow Western Blot Analysis Kit- with Millennium Enhancer, Anti mouse secondary antibody |
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| K3171250-I | Biochain | 2500 cm2 | 372 EUR |
Attoglow Western Blot Analysis Kit- with Millennium Enhancer, Anti rabbit secondary antibody |
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| K3171250-II | Biochain | 2500 cm2 | 372 EUR |
Attoglow Western Blot Analysis Kit- with Millennium Enhancer, Anti chicken secondary antibody |
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| K3171250-III | Biochain | 2500 cm2 | 372 EUR |
Attoglow Western Blot Analysis Kit- with Millennium Enhancer, Anti goat secondary antibody |
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| K3171250-IV | Biochain | 2500 cm2 | 372 EUR |
Western Blot Enhancing Kit |
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| K3172120 | Biochain | 1200 cm2 | 171.6 EUR |
Western Blot Enhancing Kit |
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| K3172250 | Biochain | 2500 cm2 | 225.6 EUR |
MicroRNA Isolation Kit |
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| KS341025 | Biochain | 1 kit | 307.2 EUR |
Calcium Assay Kit |
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| Z5030014 | Biochain | 500 assays | 792 EUR |
Chloride Assay Kit |
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| Z5030015 | Biochain | 250 assays | 670.8 EUR |
Urea Assay Kit |
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| Z5030016 | Biochain | 500 assays | 688.8 EUR |
Phosphate Assay Kit |
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| Z5030017 | Biochain | 500 assays | 633.6 EUR |
Creatinine Assay Kit |
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| Z5030020 | Biochain | 500 assays | 776.4 EUR |
Iron Assay Kit |
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| Z5030022 | Biochain | 250 assays | 812.4 EUR |
DNA Assay Kit |
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| Z5030023 | Biochain | 250 assays | 776.4 EUR |
Copper Assay Kit |
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| Z5030024 | Biochain | 250 assays | 1136.4 EUR |
Glucose Assay Kit |
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| Z5030025 | Biochain | 200 assays | 595.2 EUR |
Hemoglobin Assay Kit |
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| Z5030026 | Biochain | 250 assays | 724.8 EUR |
Heme Assay Kit |
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| Z5030027 | Biochain | 250 assays | 891.6 EUR |
Ethanol Assay Kit |
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| Z5030029 | Biochain | 500 assays | 1136.4 EUR |
Glutathione Assay Kit |
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| Z5030030 | Biochain | 250 assays | 891.6 EUR |
Blotting Tools
| mini blotter 10x10 cm | |||
| EVS1100-BLOT | Consort | ea | 818.4 EUR |
| mini wide blotter 20x10 cm | |||
| EVS1200-BLOT | Consort | ea | 950.4 EUR |
| maxi blotter 20x20 cm | |||
| EVS1300-BLOT | Consort | ea | 1335.6 EUR |
| mini blotter 10x10 cm | |||
| EVS3100-BLOT | Consort | ea | 1183.2 EUR |
| maxi blotter 20x20 cm | |||
| EVS3300-BLOT | Consort | ea | 1639.2 EUR |
| Western Blot Kit | |||
| 20-abx098123 | Abbexa |
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| Western Blot Enhancing Kit | |||
| K3172120 | Biochain | 1200 cm2 | 171.6 EUR |
| Western Blot Enhancing Kit | |||
| K3172250 | Biochain | 2500 cm2 | 225.6 EUR |
| BlotBot Mini Blot Tray | |||
| TRAY-2MINI-2 | Next Advance | 2pack | 244.8 EUR |
| BlotBot Midi Blot Tray | |||
| TRAY-MIDI-2 | Next Advance | 2pack | 242.4 EUR |